Les missions du poste
Développer, mettre en œuvre et conduire des approches d’imagerie pour l’analyse des processus d’infection virale au sein de la cellule hôte, notamment par microscopie corrélative appliquée à la biologie cellulaire et structurale intégrative.
Mission 1 : Mettre en place et adapter un ensemble cohérent d’approches méthodologiques pour développer des projets de recherche sur les mécanismes moléculaires régulant les interactions virus-hôte au niveau cellulaire. Le modèle d’étude principal est la réplication et l’assemblage des poxvirus.
Mission 2 : Gestion logistique du laboratoire de l’équipe et de certains équipements dédiés à la microscopie corrélative de manière conjointe avec la plateforme de cryoEM de l’I2BC (microscope cryo confocal multi-couleur Stellaris 5 de LEICA).
Mission 3 : Développer et entretenir l’expertise technologique en imagerie corrélative et intégrative de systèmes biologiques. Celle-ci sera appliquée à l’étude des processus d’infection virale par microscopie à fluorescence combinée à la microscopie électronique de volume et à la cryo tomographie aux électrons.
Mission 4 : Accueil, formation et encadrement des membres de l’équipe et des équipes connexes du département de Virologie et de l’I2BC. Lien avec le personnel du pôle Imagerie-Gif, de la plateforme de CryoEM et de BioI2 de l’I2BC et du synchrotron SOLEIL.
Activités
Virologie moléculaire et structurale :
- Culture cellulaire : culture de cellules (ex. HeLa, BSC-1, Vero), infection, transfection
- Virologie : production et purification de virus (ex. virus de la vaccine et virus recombinants) en laboratoire de niveau L2. Perspective de travail en laboratoire L3.
- Biologie moléculaire : clonage, production de protéines, "knock in – knock out" dans les génomes viraux et cellulaires
Imagerie intégrative :
- Imagerie photonique : préparation d’échantillons sur cellules fixées ou vivantes, acquisition (confocal, spinning disc), traitement et analyse (ex. FIJI, Las X) des données
- Microscopie électronique en volume et cryo tomographie aux électrons : préparation d’échantillons en bloc de résine ou par "plunge-freezing" dans un premier temps. Possibilité d’être formé-e à l’acquisition et à l’analyse des données
- Développement d’approches corrélatives entre la microscopie photonique et la microscopie électronique en volume ou la cryo tomographie aux électrons (microscope cryo confocal multi-couleur Stellaris 5 de LEICA)
Autres :
- Gestion logistique du laboratoire et des activités de recherche (documentation des protocoles, gestion des stocks). Sui-vi et entretien des collections de lignées cellulaires et souches virales de l’équipe. Organisation de la gestion et du trai-tement des données
- Participer à la gestion et à la maintenance de certains équipements dédiés à la microscopie corrélative (microscope cryo confocal multi-couleur Stellaris 5 de LEICA et petits équipements annexes)
- Rédaction de protocoles et communications scientifiques sous forme écrite et orale
- Participation à l’organisation de formations par l’équipe en lien avec les plateformes d’Imagerie-Gif et de CryoEM de l’I2BC et du synchrotron SOLEIL
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité: laboratoires de niveau L1, L2 et éventuelle-ment L3, déclaration et manipulation d’OGM
Activités Transverses :
- Encadrer et former les membres de l’équipe et plus largement du département de Virologie et de l’I2BC, aux tech-niques de préparation d’échantillons en laboratoire L2 pour la microscopie électronique en volume ou cryo tomogra-phie aux électrons et aux approches d’imagerie par microscopie corrélative notamment
- A terme, développement et maintien de l’expertise technique en microscopie électronique en volume et cryo tomo-graphie aux électrons avec des approches intégratives et corrélatives en lien avec les plateformes Imagerie-Gif et CryoEM de l’I2BC et du synchrotron SOLEIL
Compétences
Connaissance, savoir :
- Connaissances approfondies en Virologie, Biologie cellulaire et/ou moléculaire souhaitées
- Biologie cellulaire : expérience en culture cellulaire souhaitée
- Virologie : connaissance des techniques d’infection de cellules de mammifères, de production et de purification de particules virales souhaitée
- Biologie moléculaire : bonne connaissance des techniques de clonage et expression de protéines recombinantes sou-haitée
- Expérience de manipulation en laboratoire de niveau L1, L2 ou L3 souhaitée
- Imagerie : connaissances souhaitées en microscopie électronique et/ou photonique concernant la préparation des échantillons, la collecte et/ou l’analyse des données
- Bonne expression écrite et orale
- Langue anglaise : niveau B1 ou B2 (cadre européen de référence pour les langues) souhaité
Savoir-faire :
- Mettre en œuvre les protocoles expérimentaux en utilisant les matériels et équipements dédiés avec une maitrise des logiciels informatiques spécifiques
- Rédiger les protocoles et procédures techniques pour les méthodologies utilisées
- Contribuer à la communication des techniques et résultats (formations, présentations, publications)
- Encadrement et formation des membres du laboratoire et des collaborateurs
- Aptitude à travailler en collaboration avec les différents partenaires des projets scientifiques de recherche et dévelop-pement au sein des différentes équipes du département de Virologie ainsi que des personnels des plateformes du pôle Imagerie-Gif, des plateformes de CryoEM et BioI2 de l’I2BC et du synchrotron SOLEIL
Savoir-être:
- Aisance relationnelle
- Sens de l'organisation
- Capacité à travailler en équipe
- Rigueur / Fiabilité
- Autonomie / Confiance en soi
- Curiosité intellectuelle
Contexte de travail
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche, créée au 1er janvier 2015 et qui a pour tutelle le CNRS, le CEA et l’Université Paris Saclay. L'unité a un effectif moyen de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 60 équipes de recherches, 17 plateformes technologiques de haut niveau.
Dans le cadre de l’appel pour de nouveaux chefs d’équipe en 2021, a responsable de l’équipe « Réplication et assemblage des poxvirus » (RAPUS) a été recrutée à l’I2BC et a installé son laboratoire en Décembre 2021 au sein du département de Virologie sur le campus du CNRS de Gif-sur-Yvette. Avec une nouvelle thématique de recherche de pointe et un nouveau modèle d’étude d’actualité en virologie, l’équipe RAPUS utilise des approches innovantes d’imagerie corrélative. L’équipe contribue ainsi au développement de la biologie cellulaire et structurale intégrative à l’I2BC, une priorité stratégique du département de Virologie et de l’institut. En effet, plusieurs nouveaux microscopes ont été installés : Zeiss CrossBeam 550 destiné à des approches FIB-SEM de microscopie électronique en volume avec un microscope électronique à transmission de dernière génération type Glacios (FEG 200 kV) à l’I2BC, conjointement avec l’arrivée d’un Titan Krios (FEG 300 kV) au synchrotron SOLEIL sur le campus de Paris-Saclay. De plus, un microscope cryo confocal multi-couleur Stellaris 5 a été installé à la fin de l’année 2024 à proximité du laboratoire. Ce parc technologique permet une recherche ambitieuse appliquée ici à la virologie cellulaire et moléculaire.
Le recrutement de la responsable de l’équipe avec un financement ATIP-Avenir permet d’élargir l’expertise forte du département de Virologie aux approches de microscopie cellulaire et structurale. La cryo tomographie aux électrons et les approches d’imagerie corrélative sont particulièrement importantes pour l’étude des mécanismes régulant les infections virales au niveau moléculaire in cellula. Ces développements requièrent le recrutement d’un-e assistant-e ingénieur-e (AI) dans l’équipe RAPUS qui assurera l’accueil et la formation de l’AI pour exercer ces missions au sein du département de Virologie. Ce recrutement est essentiel à la mise en œuvre et au maintien de l’expertise technique pour cette jeune équipe prometteuse. L’AI contribuera aux différents projets de recherche de l’équipe sur la réplication du génome viral et l’assemblage des particules virales des poxvirus. Il/elle accompagnera aussi les travaux faisant appel à ces technologies dans le département de Virologie et à l’I2BC en lien avec le pôle Imagerie-Gif et les plateformes de cryoEM et BioI2 de l’I2BC et du synchrotron SOLEIL. Il/elle travaillera fréquemment en environnement L2 avec des virus pathogènes au sein de l’I2BC et ponctuellement en L3 ainsi que dans d’autres instituts dans le cadre de collaborations nationales et internationales.
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche, créée au 1er janvier 2015 et qui a pour tutelle le CNRS, le CEA et l’Université Paris Saclay. L'unité a un effectif moyen de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 60 équipes de recherches, 17 plateformes technologiques de haut niveau.
Dans le cadre de l’appel pour de nouveaux chefs d’équipe en 2021, a responsable de l’équipe « Réplication et assemblage des poxvirus » (RAPUS) a été recrutée à l’I2BC et a installé son laboratoire en Décembre 2021 au sein du département de Virologie sur le campus du CNRS de Gif-sur-Yvette. Avec une nouvelle thématique de recherche de pointe et un nouveau modèle d’étude d’actualité en virologie, l’équipe RAPUS utilise des approches innovantes d’imagerie corrélative. L’équipe contribue ainsi au développement de la biologie cellulaire et structurale intégrative à l’I2BC, une priorité stratégique du département de Virologie et de l’institut. En effet, plusieurs nouveaux microscopes ont été installés : Zeiss CrossBeam 550 destiné à des approches FIB-SEM de microscopie électronique en volume avec un microscope électronique à transmission de dernière génération type Glacios (FEG 200 kV) à l’I2BC, conjointement avec l’arrivée d’un Titan Krios (FEG 300 kV) au synchrotron SOLEIL sur le campus de Paris-Saclay. De plus, un microscope cryo confocal multi-couleur Stellaris 5 a été installé à la fin de l’année 2024 à proximité du laboratoire. Ce parc technologique permet une recherche ambitieuse appliquée ici à la virologie cellulaire et moléculaire.
Le recrutement de la responsable de l’équipe avec un financement ATIP-Avenir permet d’élargir l’expertise forte du département de Virologie aux approches de microscopie cellulaire et structurale. La cryo tomographie aux électrons et les approches d’imagerie corrélative sont particulièrement importantes pour l’étude des mécanismes régulant les infections virales au niveau moléculaire in cellula. Ces développements requièrent le recrutement d’un-e assistant-e ingénieur-e (AI) dans l’équipe RAPUS qui assurera l’accueil et la formation de l’AI pour exercer ces missions au sein du département de Virologie. Ce recrutement est essentiel à la mise en œuvre et au maintien de l’expertise technique pour cette jeune équipe prometteuse. L’AI contribuera aux différents projets de recherche de l’équipe sur la réplication du génome viral et l’assemblage des particules virales des poxvirus. Il/elle accompagnera aussi les travaux faisant appel à ces technologies dans le département de Virologie et à l’I2BC en lien avec le pôle Imagerie-Gif et les plateformes de cryoEM et BioI2 de l’I2BC et du synchrotron SOLEIL. Il/elle travaillera fréquemment en environnement L2 avec des virus pathogènes au sein de l’I2BC et ponctuellement en L3 ainsi que dans d’autres instituts dans le cadre de collaborations nationales et internationales.